文章を書く時は「貴社」、会話では「御社」を使うのが一般的です。

日本語には同音異義語が多く、「貴社」でも「帰社、記者」と誤解を招く場合があります。

分かりづらい表現は失礼なので、会話の中では「貴社」よりも「御社」を使うという訳です。

話し言葉と書き言葉の違いです。